自転車での通勤には、2通り考えられます
①　自宅から最寄り駅まで自転車を使用する場合
②　自宅から会社まで、通勤の全行程で使用する場合
労災法において通勤とは、「就業において合理的な経路および方法で行うこと」と定義されています
通勤方法として合理的なものであれば　（労働基準監督署の認定があれば）　通勤災害となります
そのため、上記いずれの場合でも、労災の通勤災害と認定される可能性は高いといえます
ただし、注意すべき点として、②で従業員が会社に隠れて　（規則違反を知った上で）　自転車通勤をしていた場合です
通勤災害は認められても、就業規則の服務規程違反になる場合があります
その場合、他の従業員が通勤災害の認定を知ったら、不満を生じたり　職場の規律が乱れる可能性もあります
通勤方法のすべてを会社が限定するのは、法律上いささか問題がありますが、
会社の実情に合わせ、
・公共交通機関を使用する場合　
・自転車を使用する場合など
就業規則で、一定のルールを示しておくことは必要といえます